Ba Cự nhân Bóng tối hồi sinh từ phong ấn cổ đại với dã tâm chiếm Lõi Vĩnh cửu và đe dọa sự an toàn của vũ trụ. Trước tình cảnh đó, nhà thực vật học Sao Hỏa Manaka Kengo hợp nhất với Ultraman Trigger và cùng các thành viên của GUTS-Select để cứu nhân loại khỏi âm mưu xấu xa của chúng.