Sau khi gần như thoát khỏi một vụ va chạm với một con Gauna khổng lồ với cái giá phải trả bằng nhiều mạng người, Kobayashi - thuyền trưởng của con tàu vũ trụ Sidonia - được yêu cầu thay đổi mô hình chính trị của mình.