Season 9 tiếp tục sau các sự kiện lớn liên quan đến Evil Morty và sự sụp đổ của Citadel. Khác với một số mùa gần đây thiên về các tập độc lập, mùa này quay trở lại với một cốt truyện xuyên suốt về đa vũ trụ và mối quan hệ phức tạp giữa Rick, Morty và Evil Morty.