Chiến tranh đường sắt! diễn ra trong một vũ trụ thay thế, nơi chính phủ Nhật Bản vẫn kiểm soát hệ thống đường sắt của quốc gia. Do sự ổn định của sự lãnh đạo của chính phủ, hệ thống đường sắt được phép phát triển.