Các anh hùng của chúng ta phải bảo vệ Hoàng tử của Biển, Manaphy, khỏi tên cướp biển độc ác Phantom, và đưa Pokémon nhỏ tuổi trở lại Ngôi đền Biển với sự giúp đỡ của Người dân của Nước và Jackie the Pokémon Ranger.