Vào một ngày mới ở vùng Kanto, Satoshi được Giáo sư Yukinari Ookido mời đến dự lễ khai trương phòng thí nghiệm của Giáo sư Sakuragi ở thành phố Vermillion. Trong bài phát biểu nghi lễ, Giáo sư Sakuragi nhận được cảnh báo về một Pokémon có thể rất hiếm xuất hiện ở bến cảng của Thành phố Vermillion, khiến Satoshi và các huấn luyện viên khác lao đến khu vực với hy vọng tìm thấy Pokémon bí ẩn.