Một trò chơi điện tử bí ẩn đưa các Ninja vào thế giới ảo Prime Empire. Họ phải vượt qua từng màn chơi để đối đầu với AI Unagami. Jay nhận ra Unagami chỉ là một chương trình bị bỏ rơi. Thay vì tiêu diệt hắn, Jay giúp hắn gặp lại người tạo ra mình, chấm dứt cuộc xung đột.