Cậu học sinh sôi nổi Kaname Chidori và người lính Sousuke Sagara đang tận hưởng cuộc sống trung học hạnh phúc. Tuy nhiên, những tháng ngày yên bình của họ bị gián đoạn bởi tổ chức khủng bố Amalgam đang đe dọa. Leonard Testarossa, một thành viên của tổ chức sở hữu "Whispered", tìm cách thu thập Kaname và kiến ​​thức của cô ấy.