Sau khi khuất phục trước một số phận không thể tha thứ, Kiritsugu Emiya đã để lại cho Shirou Emiya nhiệm vụ cứu nhân loại thay cho anh. Thế giới đang chết dần và thời gian đang trôi đi, nhưng khi sự cứu rỗi mà Shirou tìm kiếm phải trả giá bằng chính gia đình duy nhất còn lại của anh ấy em gái của anh ấy liệu anh ấy có còn tâm trí để theo đuổi nghĩa vụ này không?