Crayon Shin-chan : Âm Mưu Của Lãnh Chúa Unkokusai mở đầu với sự việc một thành viên của Đội Tuần Tra Thời Gian đã phát hiện Nhật Bản năm 1570 có sự xáo trộn về thời gian. Khi đến đó để tìm hiểu vấn đề, cô bị tấn công và cuối cùng mắc kẹt dưới nền nhà Nohara. Vì năng lực bản thân có giới hạn nên cô đã nhờ nhà Nohara cùng giúp sức. Và thế là họ đã cùng nhau quay ngược thời gian và gặp một Samurai tên Fubuki-maru, người cứ khăng khăng nhà Nohara chính là “ba người và một chó” trong truyền thuyết. Sau đó, Fubuki-maru đã nhờ mọi người giúp đỡ đánh bại âm mưu của tên Lãnh chúa Unkokusai gian ác.